Во второй части игры было существенно увеличено количество оружия, с которым Айзеку придется сражаться с Некроморфами.

Плазменный резак
Инструмент для резки минеральных пород и первое оружие, которое встречается игроку. Альтернативный режим: направление лезвия меняется на 90 градусов. Также в игре присутствует перекрашенный плазменный резак

Импульсная винтовка
Штурмовая винтовка армейского образца с высоким темпом стрельбы. Неплохое оружие против группы противников. В альтернативном режиме винтовка используется как гранатомет, один выстрел которого выстреливает сгусток энергии стоимостью 25 зарядов. В первой части альтернативный огонь давал хаотичную стрельбу по кругу.

Лазерная винтовка
Винтовка для промышленной резки руд, которая стреляет широким летящим энергетическим пучком, способным поражать нескольких врагов, находящихся на одной линии. В альтернативном режиме пистолет стреляет миной, которая взрывается с задержкой в несколько секунд, поражая все в радиусе поражения.

Труборез
циркулярная пила, вращающуюся с большой скоростью. Подходит как для точной резки, так и для грубой, быстрой работы (действие лезвия ограничено по времени). В альтернативном режиме труборез выпускает лезвия по прямой для резки удаленных объектов.

Огнемёт
Гидразиновая промышленная горелка. Альтернативный огонь позволяет запустить в сторону врага зажженный баллон с топливом, который через некоторое время взрывается. Благодаря новым технологиям огнемет работает даже в безвоздушном пространстве.

Силовой резак
Индустриальный импульсный силовой резак, предназначенный для работ по дроблению породы, когда необходим мощный, сфокусированный импульс энергии. Альтернативный режим создает сферическую взрывную волну вокруг оператора.

Снайперская винтовка
Это оружие способно аккуратно умертвить выбранную цель на большом расстоянии. Обладая мощным и точным выстрелом, винтовка требует время на перезарядку.

Контактные мины
Эти мины снабжены датчиком движения и срабатывают при появлении в радиусе действия движущегося объекта. Мина может быть установлена на любой поверхности, кроме поверхностей, покрытых органикой некроморфов.

Дротикомёт
Выстрел дротиком из этого оружия способен проткнуть врага и пригвоздить его к стене, а альтернативный огонь генерирует электрический разряд в последнем выпущенном дротике.

Силовой пистолет

Дуговой сварочный аппарат

Перекрашенный плазменный резак
(доступен при наличии сохранений из первой игры)

Фонарик
Фонарь может лишь освещать месность, но по сюжету Айзек модернезирует в плазменый резак.